Внимание пользователей 1С:Бухгалтерии 8 !
Начиная с релиза 1.6.24.7 изменился порядок начисления НДС при исполнении обязанностей налогового агента по НДС.

В соответствии с Письмом ФНС № ШС-22-3/634@ от 12.08.2009 "О порядке составления счетов-фактур налоговыми агентами" налоговые агенты, указанные в п. 2 и 3 ст. 161 НК РФ, исчисляют суммы налога при оплате товаров (работ, услуг) либо в момент их предварительной оплаты (в полном объеме или при частичной оплате), либо в момент оплаты принятых на учет товаров (работ, услуг).

"При перечислении оплаты поставщику по договору с исполнением обязанностей налогового агента нужно выставить счет-фактуру. Документ "Счет-фактура выданный" можно сформировать обработкой "Регистрация счетов-фактур налогового агента" (меню "Покупка – Ведение книги покупок - Регистрация счетов-фактур налогового агента") или ввести вручную на основании документа оплаты.

О внесенных в конфигурацию изменениях также можно прочитать в Дополнениях к описанию (меню "Справка")